Recién terminadas las obras en1785, tanto la Basílica como el Convento de San Francisco el Grande fueron encomendados a la Orden Franciscana para su residencia y prestaciónde servicios espirituales.   
La propiedad de estos edificios ha sido siempre, y lo es actualmente, de la "Obra Pía de los Santos Lugares de Jerusalén, dependiente del Ministerio de Asuntos Exteriores.  

Por voluntad de dichos propietarios, esta Casa ha estado siempre vinculada más especialmente a las misiones franciscanas de Tierra Santa y Marruecos.  

A lo largo de la presencia franciscana en este Convento, han sido las ocho Provincias Franciscanas de España las que han provisto de personal a la Comunidad. En el año 1985, por decisión de los Provinciales de España, la Provincia Franciscana de Granada se hizo cargo de esta Casa e Iglesia. Por ello la Comunidad actual en su totalidad depende de dicha Provincia.  

La dedicación principal de los religiosos se centra actualmente en la atención al culto en la iglesia. Misas, sacramentos, bodas, funerales, etc. En dichos servicios se realiza una pastoral evangelizadora a través de sencillas catequesis que acompañan los cultos. Se ejercita el espíritu de acogida fraterna y atención a las numerosas personas que pasan por las distintas dependencias en solicitud de servicios.  

Aparte de nuestra iglesia, los franciscanosatendemos tres capellanías de religiosas. Una de ellas mantieneun colegio de enseñanza. En él nuestros religiosos tambiéncolaboran en las tareas pastorales en favor de los estudiantes.  

Atendemos así mismo la asistencia espiritual y formativa de la numerosa Fraternidad de la Orden Franciscana Seglar que radica en nuestra iglesia. Participamos en todos sus actos de culto y llevamos la responsabilidad de los distintos grupos de estudio y formación que funcionan dentro de la Fraternidad. En este mismo contexto atendemos la pastoral de enfermos y tercera edad en el Hospital de V.O.T. que dirigen los Hermanos Terciarios.  

Ofrecemos variados servicios pastorales a distintas parroquias y colegios que nos lo solicitan.  

Nuestra Casa también es lugar de acogida y residencia pasajera para los numerosos franciscanos que pasan por Madrid, especialmente misioneros. Aquí son atendidos fraternalmente.